对于有两个孩子的离婚，最好的方式是 协议离婚。以下是协议离婚的具体步骤和注意事项：
双方应就孩子的抚养权、探视权、教育费用等问题进行充分沟通，确保孩子的权益得到保障。
签订离婚协议，并携带身份证、户口簿、结婚证等材料到一方户籍所在地的民政局办理离婚手续。
双方填写《申请离婚登记声明书》，并在监誓人面前签名。
夫妻双方亲自在离婚协议上签名。
颁发离婚证时，需要核实双方姓名、出生日期、离婚意愿，并见证当事人在《离婚登记审查处理表》上签名。
如果孩子未满两周岁，法院原则上会将孩子判给母亲抚养。
孩子已满两周岁，法院会将孩子判给最有利于其成长的一方抚养。
孩子已满八周岁，法院一般根据孩子的真实意愿判决抚养权。
如果协商不成，可以通过法院提起离婚诉讼。
法院在判决时会考虑孩子的年龄、性别、健康状况、父母的经济能力、道德品质及对孩子的关爱程度等因素，做出最有利于孩子的决定。
建议
优先考虑协议离婚：协议离婚不仅流程简便，而且可以避免诉讼过程中的时间和精力消耗，同时有助于双方就孩子的抚养问题达成一致，减少对孩子的负面影响。
准备充分：在协议离婚前，双方应仔细考虑并协商好所有相关事宜，包括孩子的抚养权、探视权、教育费用等，并确保所有相关文件准备齐全。
法律咨询：在离婚过程中，建议咨询专业律师，确保双方权益得到充分保障，特别是关于孩子抚养权和财产分割等问题。
通过以上步骤和建议，夫妻双方可以更加顺利地完成离婚程序，并为孩子的未来做好妥善安排。
