耕地栽树的管理部门主要是 自然资源主管部门和农业农村主管部门。
依据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十一条，非法占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。
依据《土地管理法》第三十七条，非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。同时，农业农村主管部门也负责耕地种植用途管控的日常监督。
因此，如果要在耕地上栽树，需要遵守相关法律法规，并确保不违反上述规定。如果发现违反耕地种植用途管控要求的行为，可以向乡镇人民政府或者县级人民政府的农业农村主管部门报告。
