民事纠纷冤案的处理方式主要包括以下几种：
向上级法院申请再审：当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
向原审人民法院申请再审：当事人一方人数众多或者当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。
申请再审的时间：当事人申请再审的，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。
向上级法院申诉：可以向上级法院直至最高院提起申诉。
向人民检察院申诉：也可以向人民检察院提起申诉。
当事人还可以向国家申请赔偿，如果冤假错案是由于法院的错误造成的。
当事人申请再审时，应当提交再审申请书等材料，法院应当自收到再审申请书之日起三个月内审查，符合相关法律法规的，裁定再审。
人民法院应当自收到再审申请书之日起五日内将再审申请书副本发送对方当事人，对方当事人应当自收到再审申请书副本之日起十五日内提交书面意见。人民法院可以要求申请人和对方当事人补充有关材料，询问有关事项。
人民法院经审查，认为符合再审条件的，应当裁定再审，并可以指定再审的法院。
建议
及时申请再审：当事人在发现自己的民事纠纷案件存在冤假错案时，应尽快在法定期限内向上级法院或人民检察院提出申诉或申请再审。
准备充分材料：在申请再审时，应准备充分的证据和材料，以支持自己的主张。
寻求专业帮助：如果当事人对法律程序不熟悉，建议寻求专业律师的帮助，以便更有效地维护自己的合法权益。
以上信息基于最新的法律法规和司法实践，具体操作时应以最新的法律依据为准。
