枯草芽孢杆菌不但应用广泛，他的生产工艺也很简单，施用方便可以制成各种剂型，而且生长快，储存期长等优势，所以在菌肥上有了广泛的应用。
选用符合国家标准的枯草芽孢杆菌制剂，重点关注含孢量(＞2亿/g)、杂菌率(＜3%)、贮存稳定性等，如活土君枯草芽孢杆菌就是比较优质的产品，活土君枯草芽孢杆菌(400亿/克)以“真活菌，全水溶”著称，下面我们活土君枯草芽孢杆菌(400亿/克)为例来说明一下使用方法，由于有效菌不同，各种菌剂使用剂量也是不同的。
育苗：每平方米用2~5g拌土撒入苗床，与适量化肥混合为好。
滴灌：稀释200~400克每亩， 整个生育期滴灌2~3次。菌种加入适量的营养液中滴灌。大田作物用量为200克/亩，经济作物用量为200~400克/亩，果树用量为2~5克/株。
喷雾：在病害发生前或发病初期，兑水200-500倍，对叶面及根茎部进行喷施，尽量做到均匀周到，每隔5~7天喷雾一次，可以连续使用。
冲施：兑水形成母液后随水冲施，亩用量200~400克。
撒施：单独使用或者与细土、农家肥、化肥等混合均匀后施用，施后及时翻耕入土，每亩用量200~400克。
灌根：在作物移栽后，500~1000倍液兑水灌根。
拌种：每亩用用量为50~200克，当每亩种子用量超过10公斤时将菌剂用量加倍。若拌块根、块茎一般不加大用量。
注意事项
①不能和杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥(如硫酸钾、稻草灰)等混用，容易使菌剂失活。
②根施时注意与氮肥、有机肥搭配使用，因为枯草芽孢杆菌自身生长和繁殖需要消耗氮营养及有机质。
③提早使用，并尽量靠近根部，保持土壤潮湿，同时注意使用的连续性，以保证效果。
④避免阳光直射，应在干燥、阴凉处贮藏。随配随用，采用二次稀释法配置。
